Född Nils Bengt Folke Ekerot den 8 februari 1920 på Kungsholmen i Stockholm. Han lämnade gymnasiet innan examen för att pröva in vid Dramatens elevskola men misslyckades vid första försöket. Efter studier för Willy Koblanck och Julia Håkansson blev han vid andra försöket antagen 1938. Under studietiden var han med i den uppmärksammade elevuppsättningen av Diana går på jakt på Nya Teatern 1940. Efter examen 1941 blev Nya Teatern Ekerots hem fram till 1945. Året därpå debuterade han som teaterregissör med den danska komedin På tre man hand.

1947 följde han med sin gamle lärare från elevskolan, Stig Torsslow, till Malmö stadsteater och började där satsa allt mer på regisörsrollen. I Malmö satte han bland annat 1948 upp Streber och året därpå Ingen går fri av Stig Dagerman, två konstnärsvänner som återkommande beskrivts som "andliga bröder".

1950 kom Ekerot till Göteborgs stadsteater där han under tre år hade en lyckosam vistelse som inleddes med urpremiären av Det lyser i kåken, som Ingmar Bergman året efter gjorde på Dramaten. Två andra uppmärksammade uppsättningar i Malmö var Den kaukasiska kritcirkeln och Hamlet. I den senare spelade först Per Oscarsson titelrollen, men mot slutet tog Ekerot själv över rollen.

När Alf Sjöberg sedan 1955 gjorde tv-teater av Hamlet valde han Ekerot i titelrollen. Samarbetet fortsatte med Sjöbergs uppsättning av John Osbornes Se dig om i vrede 1957, där Ekerot gjorde rollen som Jimmy Porter, en prestation som kallades "ett solonummer som förenar hänsynslös identifikation med intellektuell överblick."

1953 återvände Ekerot till Dramaten, där han i huvudsak kom att vara verksam som regissör. Mellan 1953 och 1961 var han också lärare i scenframställning vid Dramatens elevskola. Som Dramatenregissör regisserade han 1956 den prestigefyllda världspremiären av Eugene O'Neills Lång dags färd mot natt.

I början av sin skådespelarkarriär fick Ekerot spela sensibla men problematiska ynglingar, som i Dynamit från 1947 för vilken han belönades med AT:s filmpris (vilket han även fick för sin roll mot Eva Dahlbeck i Britta i grosshandlarhuset från året innan). I slutet karriären gjorde han pregnanta bifigurer i några av Jan Halldoffs filmer.

Av hans totalt 33 filmroller, debuten skedde 1940 i Alf Sjöbergs Med livet som insats, är tvivelsutan den som döden i Det sjunde inseglet den mest kända. Han hade redan 1954 medverkat i Radioteaterns uppsättning av Trämålning, den enaktare på vilken filmen är baserad. Ekerot hade dock i denna spelat riddarrollen som i filmen görs av Max von Sydow. Döden som tema återkom i Ansiktet, där Ekerot spelade den alkoholiserade och döende Johan Spegel. I Bilder kommenterade Bergman själv samarbetet med Ekerot:

Bengt Ekerot och jag enades om att Döden skulle bära clownmask, den vita clownens mask. En sammansmältning av clownmasken och dödsskallen. Det är ett vanskligt illusionnummer som lika gärna kunde ha misslyckats. Plötslgit uppträder en aktör som är vitmålad i ansiktet och svartklädd och säger att han är Döden. Vi accepterar att han är Döden i stället för att säga: Äh, försök inte, oss lurar du inte! Vi ser ju att du är en begåvad skådespelare som är vitmålad och svartklädd!

1952 regisserade även Ekerot Bergmans pjäs Dagen slutar tidigt för Radioteatern. De båda generationskollegorna samarbetade för sista gången 1965 då Bergman, som då också var teaterchef, tog över Ekerots För Alice på Dramaten. Anledning var Ekerots sviktande hälsa.

Hans senare karriär blev till del tragiskt självförbrännande och bidrog till hans för tidiga död i lungcancer den 26 november 1971. Erland Josephson, som efterträdde Bergman som teaterchef på Dramaten och som även han tvingades neka Ekerots tjänster, omskriver honom i Rollen:

"Han hungrade, men kunde aldrig riktigt definiera sin hunger. Han måste döva den. Han läste. Han spelade. Han regisserade. Han diskuterade ivrigt. Han rökte. Han söp. Han brottades med villkoren för sin hunger. Han grät över sin våldsamma aptit. Demonerna förstörde hans skönhet."